突襲世界的大災難“第二次沖擊”后，世界在廢墟之上重建。14歲的少年碇真嗣被父親碇元渡叫到第3新東京市。本以為能見到父親迎接的他，卻見到名為“ 使徒”的巨大生物與軍隊交火。危急之下，特務機關NERV的葛成美里將真嗣救下，并將其帶往碇元渡所統領的NERV總部。但迎接真嗣的，卻是是父親冷酷地命令：駕駛稱為“EVA”的巨大人型機器人與使徒戰斗。本已表示拒絕的真嗣，看到重傷的替補駕駛員綾波麗后，決定遵從父親...

曾經，泉田準一郎（木內秀信 配音）懷抱著成為推理小說中的名偵探的遠大理想報考了警察學校，如今，已經33歲的他，依然只是警視廳里一介小小的警部補。令他怎么也想不到的是，上級的一紙公文，居然就奠定了他從今往后悲慘的生活。這天，他成為了號稱“驅魔娘娘”的藥師寺涼子（生天目仁美 配音）的部下，這位27歲就當上警視的紅發美女，不僅是保全公司的千金大小姐，同時有著超高的智商，此外，涼子高傲的個性和古靈精怪的壞...

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